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中国几千年的封建社会将民众分为“士农工商”四等，而商处于最末等，在大明朝虽然有资本主义的萌芽，然而终究星星之火没能成燎原之势，而商人的地位就一直这样卑贱下去。这样的情形在《大明王朝1566》中得到了深刻的反映，特别是那些所谓的“士”。
严嵩在剧中曾言：“历代造反的都是种田人，没几个经商的去造反”。这句话可以说是剧中大明王所有官员的铁律。历来反动都是最大的罪名，而官员最怕的确实农民闹事，最怕种田的人，最怕把种田的人逼反。公忠体国的胡宗宪、一心为民的海瑞也是类似的看法。当初胡宗宪就这样说过：“不愿借粮的以囤积居奇问罪！逼他们，总比逼百姓造反好！”胡宗宪之所以拒绝在浙江推行改稻为桑，根本原因是看到浙江百姓强烈抵制，怕朝廷逼迫太急而激发民变。而彼时浙江又有倭寇作乱，内忧必然引发外患，浙江作为全国赋税重地，一旦发生动乱，必定损伤国本。
海瑞一生无君无父，弃国弃家，但心中却始终装着百姓，为了维护百姓的利益可以舍身取义。一个重要的原因就是海瑞知道这这是维持大明王朝安定的关键，并且自己愿意践行。历史上的海瑞多是维护底下穷人的利益，他治理的时候但凡穷人和富人打官司，他都是偏袒穷人的。大明王朝1566中沈一石虽然打着织造局旗号，但是到头来他还是把自己的粮食用来赈了灾。最后，朝廷却把他的家给抄了，还把他逼死了。当初海瑞得知沈一石被抄家，他也为沈一石抱不平，觉得士农工商都是朝廷的子民，这样处理沈一石违背法律和天理。但是谭纶一句话立刻让海刚峰哑口无言了。“历来国库亏空，要么打老百姓的注意，要么打商人的主意。”谭纶这句话和严嵩这句话其实有异曲同工之妙。无论他们是大明的浙江首富，还是大明的首富，朝廷想动他们还是动得了的。大明当时的巨富沈万三家族，清朝的胡雪岩家族都是很好的例子。
于是剧中那些商人就成了真正的“弱势群体”，沈一石可以说决策、设局时又无比镇定、从容，“权谋”之妙，令人赞叹。然他更明白的是一旦天威降临“上下挥霍无度，便掠之于民。民变在即，便掠之于商。沈某今日之结局皆意料中事！”。沈一石死后，郑泌昌何茂才二人更是威逼利诱几个老实的徽商，更有杨金水使诈玩弄其于鼓掌之中，视朝廷政府公信于无物。商人，何其悲也。
