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2008年3月始，南京鼓楼医院泌尿科外科医生孙西钊就陆续接到南京儿童医院送来的10例泌尿结石样本，这种饮用三鹿奶粉导致结石的婴儿在北京一家医院中已很常见。此时，三鹿前副总经理王玉良获悉此事。从2007年底三鹿就开始接到消费者类似投诉。发现问题的三鹿一直和消费者“悄悄”沟通，在三鹿集团向法庭出示的证据中发现，其共付出118万元患儿检查费用。这与三鹿停产后患儿检查费用无关。不过，当时的形势并没有让三鹿意识到危险的巨大，因为直到2008年5月中旬，这一问题才提交到三鹿经营班子会议上。田文华在供述中称，5月时，病例报告已开始呈现上升趋势。三鹿找到当时的医院了解情况，也不能证明患儿肾结石一定是三鹿奶粉导致的，结石高发区、喝水少等都能导致结石发生。
据田文华回忆，当时参加经营班子会议的人有很多，总经理、副总经理、部分董事以及两个顾问。会议决定成立几个小组，王玉良负责质量排查，三鹿前副总经理杭志奇负责加强奶源监管。会议“要求各小组立即展开工作，每两周召开一次会议，听取各小组的汇报，有问题的要立即解决。”田文华在供述中称。
进入7月后，“结石宝宝”病例报告进入高发期。甘肃兰州一家医院，上半年就收治患肾结石婴儿16例，月龄大多为5~11个月，病儿病情重，部分患儿已经发展成为肾功能不全。江苏、陕西、山东、安徽、湖南、湖北、江西、宁夏、河北、上海等地都已有病例报告。这才引起越来越多的重视。7月中旬的一天晚上，三鹿一位高管受到一位部委背景知名技术专家质问，甘肃的事情是不是三鹿添加了什么东西导致的?他的回答是：大企业都不会。随后，各处病例报告越来越多，甘肃1名病例报告死亡。没有指名的相关报道也开始出现在媒体上。
