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一般来说，大部分导致口臭的口腔问题是龋齿，牙周炎，口腔清洁不足，口干症，以及多发性口腔溃疡。然而，现代医学已经证明，许多全身性疾病，如肝、肺、肾、胃，也会引起口臭，如果经常出现查找原因。
1、腐烂的恶臭-肺癌
肺部感染、支气管炎、肺脓肿、慢性支气管炎、肺炎、肺气肿甚至肺癌可引起不同程度的口臭。这些气味主要是由肺部积聚的粘液引起的。其中，肺脓肿患者常伴有腐酸性口臭，这些患者往往有发烧、脓性痰，胸部X线检查可明确诊断；肺结核咯血、支气管扩张咯血往往是血腥的气息；晚期肺癌患者常出现在口中呼出腐臭味。
值得一提的是，吸烟者往往有一个容易辨认的口臭。即使他不抽烟，其他人可以判断他是一个吸烟者的口臭。这类口臭是停留在肺部的死腔和呼气逐步与吸烟者的呼吸运动产生的烟雾，呼吸“烟”。当吸烟者同时患有肺部疾病时，气味可能更为显著，因为死腔体积进一步扩大，甚至死亡腔死亡。
2、上呼吸道疾病
鼻窦炎、扁桃体炎和咽炎等呼吸系统疾病会分泌大量含粘液的蛋白质，形成鼻部的一部分，其余的入口从鼻腔流出。粘液附着于舌后部或口咽部，当分解蛋白质时，会导致腐败味。
3、酸臭味——胃病
幽门狭窄或梗阻，食物在胃里滞留时间过长，会产生酸臭味，通过口腔排出。反流性食管炎等肠胃疾病也可以引起病理性口臭，而粘附于口腔咽喉部位的呕吐物会释放“酸气”。胃疾病的积极治疗后一般可以显著改善，口臭。
