燕亡后,虽然有大量慕容鲜卑进入了北魏政权控制之下,但并不安于被北魏统治,故多有反叛行为。另一方面,北魏也对慕容氏颇多忌惮,不得不对其长期采取压制、杀戮的政策,以稳定政局。

在这种情况下,慕容氏被迫改换姓氏,以此来躲避灾祸。《魏书·慕容白曜传》载“初,慕容破后,种族仍繁。天赐末（404~408）,颇忌而诛之。时有遗免,不敢复姓,皆以‘舆'为氏。延昌末（512~515）,诏复旧姓,而其子女先入掖庭者,犹号慕容,特多于他族。”这是史书中明确记载的一种改姓情况。“舆”姓见有出土舆龙姬墓志、北周武川豪杰舆珍等,舆姓慕容鲜卑较为少见,这应该是由于延昌末,诏复旧姓,所以大部分恢复旧姓所致。除此之外,尚见有改姓为“怡”的,史载“怡峰字景阜,辽西人也。本姓默台,因避难改焉。”“默合”据陈连庆考证应为“默容”之误,即慕容氏之异译。'还有改姓“豆卢”的,且这一支在北魏之后，一直都没有恢复旧姓。

在北魏以后,以慕容姓氏见于历史记载的主要有慕容白曜、慕容俨、慕容绍宗三支。

慕容白曜为慕容皝玄孙,其父慕容据卒于北魏冠军将军、尚书左丞,爵高都侯,赠安南将军、并州刺史、高都公。慕容白曜于北魏世祖拓跋焘时为中书吏,以此进入仕途,此后历任北部下大夫,袭爵高都侯、北部尚书、尚书右仆射,进爵南乡公；安南将军等官职。北魏皇兴（467~471）初年,加使持节、都督诸军事、征南大将军、上党公,主持与刘宋争夺青齐之地的战争,并因平定三齐之功拜使持节、都督青·齐·东徐州诸军事、开府仪同三司、青州刺史,封济南王,将军如故。皇兴四年（470）十月,以谋反之罪被诛。其弟如意与白曜同诛,白耀少子真安自尽，慕容白曜一支自此中衰。

北魏太和（477~499）初,白曜弟子慕容契以名家子身份被擢为中散,迁宰官；后迁宰官令,主司厨宰。太和二十一（497）年,见有司空穆亮府司马慕容契,应即此人。此后历官为太和末,以功迁太中大夫、光禄少卿、营州大中正,赐爵定陶男。正始（504~508）初,除征虏将军、营州刺史；徙都督沃野、薄骨律二镇诸军事,沃野镇将,转都督御夷、怀荒二镇诸军事,平城镇将；转都督朔州、沃野·怀朔·武川三镇三道诸军事,后将军,朔州刺史。熙平元年（516）卒,赠镇北将军、并州刺史,谥号曰克。

慕容契长子昇,历任建兴太守,镇远将军、沃野镇将,进号征虏将军；第二子僧济,自奉朝请转五校。慕容契弟晖,历任泾州长史、新平太守,卒赠幽州刺史。慕容契孙善,曾为仪同开府主簿。此后不见慕容白曜一系的有关记载。

慕容绍宗一支的世系发展情况,因其家族墓志的大量出土而最为完整。史载绍系为慕容恪之后。曾祖慕容腾归魏。祖慕容郁,任北魏岐州刺史,昌黎郡公。父慕容远,历位北魏恒州刺史、并州大中正,袭爵昌黎公。慕容绍宗因与尔朱荣有亲戚关系（尔朱荣为其从舅子）,故在六镇之乱中开始追随尔朱荣。初以军功封索卢县子,不久进爵为侯,累迁并州刺史。后被尔朱兆任命为长史,又命为行台，为尔朱兆心腹,与高欢争衡。

北魏永熙二年（533）,尔朱兆兵败身死,慕容绍宗投降高欢,官爵不变。东魏天平（534~537）初,高欢迁都于邺,命慕容绍宗与高隆之执掌府库图籍诸事。天平二年,任西南道军司,讨平李延孙叛乱；军还,行扬州刺史,寻行青州刺史。元象（538~539）初,以平灭西魏独孤如愿之功,进爵为公,除度支尚书。此后历任晋州刺史、西道大行台、御史中尉、徐州刺史等官。武定五年（547）,侯景反,孝靖帝召还慕容绍宗,以之为尚书右仆射。后以之为东南道大行台,加开府仪同三司,封燕郡公；又加行台,节度三徐·二兖州军事,击败梁萧渊明以及侯景,以功别封永乐县子。六年四月,任南道行台,攻西魏大将王思政,死于其役。卒赠使持节、二青·二兖·齐·济·光七州军事、尚书令、太尉、青州刺史,谥曰景惠。此外,依墓志材料,绍宗还曾仕魏特进、光禄大夫、骠骑大将军等职,并进爵燕国公,尚公主、驸马都尉。慕容绍宗长子士肃为散骑常侍,以谋反被诛。

士肃弟建中,即慕容三藏,出仕北齐,十七岁为北齐孝昭帝挽郎；释褐太尉府参军事,寻迁备身都督。武平（570~576）初,袭爵燕郡公,邑八百户,又转武卫将军,授武卫大将军；又转右卫将军,别封范阳县公,食邑千户。北齐灭后,慕容三藏降于北周,授开府仪同大将军,迁晋州刺史。开皇元年（581）,授吴州刺史。四年,加野王县开国公。九年,奉诏持节凉州道黜陟大使。十年,诏令检校广州道行军事,以全广州之功授大将军,赐奴婢百口,加以金银杂物。十一年,转大将军。十二年,授廓州刺史。十五年,授洮·旭·芳·宕·扶·珉·叠等七州诸军事,叠州总管。仁寿元年（601）,改封河内县公。大业元年（605）,授和州刺史。三年,转任淮南郡太守、金紫光禄大夫,袭爵武威郡王。七年,慕容三藏卒,卒年六十八岁。

慕容三藏见有二子。一子慕容正则,隋工部侍郎、唐陇州吴山县令。另一子慕容正言,唐朝请大夫,卫州长史、兖州都督府司马。

慕容正则见有二子。一子慕容怀固,任定州参军,又授齐州司士、相州临漳县令。怀固嗣子慕容琨。正则另一子慕容思廉,弱冠授左卫翎卫,附学明经,授壁州司仓、成州司户；转授幽州渔阳、亳州仙源二县令,加朝散大夫,太中大夫。思廉长子慕容景,任沧州长芦县主簿。